Berlatar belakang Jepang abad ke-17; periode Edo; Silence mengisahkan perjalanan nasib Sebastian Rodrigues; Yesuit Portugis yang dikirim ke Jepang untuk membantu Gereja setempat dan untuk mencari tahu keadaan mantan gurunya; Ferreira; yang dikabarkan telah murtad karena tidak tahan menanggung siksaan. Pada zaman ketika Kristianitas dilarang keras di Jepang; dan para penganutnya dikejar-kejar; dipaksa menjadi murtad; dan dibunuh; bukan hal mudah bagi Rodrigues untuk bertahan hidup; apalagi Tuhan yang selama ini dianggapnya sumber kasih seolah bungkam dan hening; tidak berbuat apa-apa.rnPada akhirnya; pertanyaan yang utama adalah: sanggupkah manusia mempertahankan keyakinannya di tengah masa-masa penuh penganiayaan? Dan benarkah Tuhan hanya diam berpangku tangan melihat penderitaan?rn