Linnet diketemukan dalam keadaan tewas di kabinnya. Sebuah lubang bekas peluru kaliber 22 ada diatas telinga. Jackie merasa histeris dan ketakutan karena pembunuhan tersebut terjadi setelah beberapa saat Jackie menembak kaki Simon Doyle karena marah. Kolonel Race bingung, terutama karena pistol Jackie tak diketemukan dan meminta bantuan Hercule Poirot untuk membantunya memecah misteri tersebut.

Linnet Ridgeway memiliki segala hal yang diinginkan seorang wanita muda. Kaya, cantik, muda, cerdas, bertubuh indah dan pewaris tunggal kekayaan orangtuanya. Namun bagi Jacqueline de Bellefort—sahabatnya—kebaikan hati Linnet yang lebih disenanginya. Suatu hari Jackie meminta Linnet agar memberi pekerjaan pada tunangannya, Simon Doyle, sebagai agen tanah bagi Linnet. Tentu saja Linnet tak tega menolak dan menyuruh Jackie agar membawa tunangannya untuk diperkenalkan pada Linnet. Ini bencana. Simon Doyle dan Linnet ternyata saling mencintai dan mereka menikah dua bulan kemudian dan berbulan madu di Mesir.

Andrew Pennington terkejut ketika mengetahui Linnet menikah. Ia adalah wali Linnet. Gadis itu kehilangan kedua orangtuanya saat usianya belum genap 21 tahun. Tetapi jika Linnet telah menikah maka mau tak mau perwaliannya batal dan Linnet sudah boleh mengurusi seluruh kekayaannya sendiri. Masalahnya, Pennington menggunakan kekayaan Linnet untuk bermain di bursa Wallstreet dan saat ini dia telah mengalami kekalahan dalam jumlah besar. Pennington membaca pada surat kabar jika Linnet akan berbulan madu di Mesir. Pennington menyusul kesana.

Tim Allerton dan Ibunya adalah kerabat dari Joanna Southwood. Tim adalah sepupu Joanna dan dia sendiri adalah teman Linnet. Tanpa sepengetahuan ibunya, Tim dan Joanna berprofesi sebagai pencuri mutiara. Tim dan Ibunya sudah jemu dengan tempat liburan mereka dan memutuskan ke Mesir sebagai rencana liburan berikutnya.

Nyonya Otterbourne adalah penulis novel detektif yang dibumbui seks. Beserta dengan anaknya—Rosalie Otterbourne—berlibur ke Mesir setelah merasa tak dihargai di tempat mereka berlibur saat ini. Rosalie adalah gadis yang pemurung sebab ia mengetahui bahwa ibunya kecanduan minum minuman keras setelah merasa novel-novelnya tak laku di pasaran.

Jackie, yang tidak terima karena Simon Doyle memutuskan pertunangan mereka, sering menguntit perjalanan bulan madu Linnet dan Simon. Untuk menghindari Jackie, Simon dan Linnet berencana akan mengikuti paket wisata diam-diam. Wisata tersebut akan menggunakan kapal api Karnak yang mempunyai rute dari Shellal ke Wadi halfa. Betapa terkejutnya pengantin muda ini ketika menjumpai Jackie ada di kapal tersebut.

Di suatu malam, ruang kaca pada kapal agak sepi. Hanya terdapat Cornelia Robson, Simon Doyle, Jim Fanthorp dan Jackie setelah Linnet, Pennington dan Kolonel Race menghentikan permainan brigde dan pergi tidur. Sedangkan Nona Van Schuyler ditemani Nona Bowers berlalu menuju kabin setelah kesal karena stola miliknya hilang.

Jackie yang ditemani oleh Cornelia Robson terlalu banyak minum. Ia mulai melampiaskan kekesalannya pada Simon Doyle. Di puncak kemarahannya, Jackie mencabut pistol dan mencoba menembak Simon Doyle dan mengenai kaki Simon. Segera saja ruangan menjadi gaduh. Jackie menangis karena menyesal.

Simon meminta Fanthorp dan Cornelia membawa Jackie ke kabinnya. Kemudian Fanthorp kembali menemui Simon setelah meminta Cornelia agar memanggil perawat Nona Van Schuyler, bernama Nona Bowers, agar membantu menenangkan Jackie. Dia sendiri segera ke kabin dr Bessner untuk meminta bantuan. Mereka berdua lantas membawa Simon Doyle ke kabin dr Bessner untuk diobati. Setelah diobati, Simon meminta Fanthorp agar mengambil pistol Jackie. Namun Fathorp kembali tanpa hasil. Pistol tersebut telah hilang.

Keesokan hari, Kolonel Race menemui Hercule Poirot, seorang detektif berkebangsaan Belgia. Ia melaporkan bahwa semalam telah terjadi pembunuhan terhadap Linnet. Mulailah dilakukan penyelidikan dengan mewawancarai semua penumpang satu persatu. Belum selesai penyelidikan, terjadi pembunuhan kedua terhadap pelayan Linnet—bernama Louise Bourget. Dia mati di kabin. dr Bessner mengenali bekas tusukan di tubuhnya adalah tusukan pisau bedah. Di jari-jaringnya terselip robekan uang Franc.

Hercule Poirot, Kolonel Race dan dr Bessner segera ke kabin dr Bessner untuk melihat pisau bedah tersebut. Ketika mereka sedang berdiskusi, mereka mendengar Nyonya Otterbourne berteriak dari luar kabin untuk menemui mereka. Ia mengatakan bahwa dia tahu siapa yang membunuh Louise Bourget. Namun belum sempat ia mengucapkan sebuah nama, terdengar letusan senjata api. Nyonya Otterbourne roboh dan meninggal. Di depan kabin dr Bessner diketemukan revolver milik Pennington.

Poirot mulai merekonstruksi pembunuhannya setelah Kolonel Race mendapatkan pistol Jackie dari laut. Pistol tersebut dibalut dengan stola milik Nona Van Schuyler. Beberapa fakta didapatnya dari wawancara dengan para penumpang dan fakta lapangan.